今から約300年前。江戸城・松の廊下。
赤穂藩藩主・浅野内匠頭（阿部サダヲ）は、かねてより賄賂まみれだった吉良上野介に斬りかかります。通常であれば喧嘩両成敗となるはずが、幕府が下した結論は、赤穂藩のお取り潰しと、内匠頭の即日切腹。吉良へはお咎めなし。突然藩主を亡くしたことで、浅野家は断絶、藩士たちは路頭に迷います。
筆頭家老・大石内蔵助（堤真一）は、嘆く暇もなく、浅野家復活を願い出て、ひたすら残務整理に励む日々。しかし、御家再興にも当然、お金が必要。内蔵助は、幼馴染の勘定方・矢頭長助（岡村隆史）の力を借りて、亡き内匠頭の妻・瑤泉院（石原さとみ）の化粧料（嫁入りの時の持参金）をかき集めます。その金額は、およそ 800両（9500万)！しかし、金の使い道がわからない内蔵助は、長助らの助言も聞かず、行き当たりばったりの大盤振る舞い。金はどんどん減っていきます。一方、浪人となった藩士たちは、宿敵・吉良への仇討ちを勝手に計画。加えて、江戸の庶民たちまでもが、赤穂浪士たちによる仇討ちを超熱望！やがて、大金をはたいた甲斐もなく、御家再興は幕府の決定であっさり却下。「なんでやねん！」ようやく討ち入りを決意したものの、もはや予算残高は、微々たるものに……。
討ち入るのか討ち入らないのか、迷っているうちにも予算はさらに減っていく。前線基地として購入した屋敷も火事で全焼。浪士たちの日々の生活費や食費に家賃、江戸までの旅費、武器の購入等々、お金は出ていくばかりで、プロジェクトは超難航！　挙げ句の果てには、やる気満々の浪士たちのリストラも余儀なくされる始末。一方、自分の金を勝手に使われている瑤泉院の怒りもエキサイトして……。
果たして彼らは【予算内】で、一大プロジェクト【仇討】を、無事に【決算】することができるのか！？

無法地帯のスラム街『イシナリ地区』。正義も秩序もないその街は、臓器売買の元締め『ダルマ屋』が支配し、貧乏人は肉体を切り売りしながら、何とか食い扶ちを稼いでいる。幼い頃、親に身体を売られた姉妹のアミとヨシエは、ゴダイ一座の見世物小屋でアイドルとして舞台に立ちながら、助け合って生きていた。その見世物小屋にある日、流れ者のマツカタがワラジを脱ぐ。その正体は、『殺し屋協会ランキング５位』の凄腕殺し屋。ヨシエはアミには内緒で、失った片腕にマシンガン義手を装着し、ダルマ屋の女ボス青山ダルマに復讐を考えていた。臓器売買の現場に乗りこんだヨシエは、ダルマの息子カルマを半殺しにする。だが、激怒したダルマは、改造人間兵器『ドリルブラシスターズ』を放ち、激闘の末、ヨシエはダルマ屋に囚われてしまう。知らせを聞いたアミは救出に駆けつけるが、ダルマ一味に捕まり、片腕を切断されてしまった。ダルマはゴダイ一座を皆殺しにするため、『殺し屋協会ランキング１位』の橘キキョウを送り込む━。

高校時代、中学校の同窓生同士で起きた強姦事件を目の当たりにしながら、何もできなかった男・浩。忘れてはならない過去から目を背けたまま、大人になってしまった浩や当事者たち。しかし事件から数十年後、忘れたかった過去が、再生し始めていた浩の人生に重く覆いかぶさってゆく──。